[Ajuda] Duvida sobre painel

Sei que para muitos pode ser uma dúvida burra ou coisa do tipo, mas como eu nunca utilizei esse tipo de manipulação como php e mysql, eu queria saber se para que eu possa fazer um painel funcional, podendo modificar os arquivos tem que ser exclusivamente em mysql e se eu devo hospedar o site no mesmo VPS em que se encontra o servidor...

Obrigado desde já c: